HIISI-hankkeen laskennalliset analyysit toteutetaan integroidusti usean laskentamallin avulla. Eri sektoreilla ja osa-alueilla keskeisiä ovat ainakin seuraavat mallit ja menetelmät:

• Energiajärjestelmän ja kasvihuonekaasupäästöjen kehityksen arvioinnissa hyödynnetään TIMES-VTT-mallia
• Kansan- ja aluetalouden arvioissa hyödynnetään FINAGE- ja REFINAGE -malleja  (ent. VATTAGE)
• Maatalouden arvioissa hyödynnetään DREMFIA-mallia
• Metsien kehityksen ja hakkuiden mallinnuksissa käytetään MELA-mallia
• LULUCF-sektorin kasvihuonekaasutaseen laskemisessa käytetään, aina kun on soveltuvaa, kansallisen kasvihuonekaasuinventaarion menetelmiä ja  hyödynnetään DREMFIA- ja MELA-mallien tuloksia.
• Liikenteen ja työkoneiden kehityksen arvioissa hyödynnetään LIPASTO-mallia
• Rakennuskannan kehityksen arvioinnissa käytetään REMA-mallia
• Synteesissä politiikkatoimikokonaisuuksien keskeisistä SOVA-lain tarkoittamista vaikutuksista ympäristöön ja ihmisiin käytetään ENVIMAT- ja FRES-malleja, ja laadullisissa arvioissa hyödynnetään mm. hankkeen laskennallisia tuloksia.

Laskelmissa pyritään käyttämään yhdenmukaisia lähtöoletuksia mahdollisuuksien mukaan, lisäksi osaa yhden mallitarkasteluiden tuloksia käytetään toisten mallitarkasteluiden lähtötietoina. HIISI-hankkeen aihepiirin kannalta relevantti esimerkki eri mallien yksityiskohtaisista sisällöistä, toimintaperiaatteista ja niiden integroidusta käytöstä on kuvattu PITKOjatko-hankkeen loppuraportissa, luku 3, ja HIISI-hankkeen osalta yksityiskohdat tältä osin täsmentyvät työn edetessä.